Japon, 1799. Dejima, près de Nagasaki, est l’un des ports d’attache de la Compagnie néerlandaise des Indes orientales. Jacob de Zoet, un jeune clerc ambitieux qui y est envoyé pour redresser les finances troubles de la Compagnie, est vite désemparé devant la corruption ambiante et l’étrangeté des moeurs. Il croit trouver refuge auprès d’Orito, une Japonaise au visage partiellement brûlé. Mais Orito est enlevée puis emprisonnée dans le mystérieux temple Shiranui, où l’abbé Eno