Alors qu'ils pensaient être débarassés du bandit Bakura et de son Diabound, Yûgi et ses amis sont maintenant confrontés à un redoutable adversaire : le grand prêtre Zork Necrophedius. Le combat commencé il y a 3.000 ans n'est toujours pas terminé et seul le vainqueur pourra retourner dans le monde réel.